貨物在倉庫中的全周期需要能夠實時掌握，因此保稅區儲的管理信息系統要求也高很多。

自主管理的保稅區儲物流企業，必須通過海關的嚴格審核才能營運。

庫存信息化通過庫存物品的入庫、出庫、移動和盤點等操作對企業的物流進行全面的控制和管理，能夠降低庫存，減少資金占用，杜絕物料積壓與短缺現象，提高服務水平，保證生產經營活動的順利進行。

保稅區儲是指使用海關核準的保稅區庫存放保稅貨物的倉儲行為。保稅貨物主要是暫時進境后還需要復運出境的貨物，或者海關批準暫緩納稅的進口貨物。保稅區儲受到海關的直接，雖然說貨物也是由存貨人委托保管，但保管人要對海關負責，入庫或者出庫單據均需要由海關簽署。保稅區儲一般在進出境口岸附近進行。
第三方物流自主管理的保稅區儲業務，是近幾年新推出的保稅物流業務，是依據的保稅貨物進出口報關和完稅的新型管理模式。在這種新型管理模式下，保稅區可以設在保稅區外，海關下放部分操作程序，由第三方物流企業自主管理，海關可以隨時查看保稅區的庫存情況，對保稅區實行。
保稅區每月向海關申報一次貨物進出口清單，并與海關系統核對保稅貨物的庫存，一次完稅，大大簡化了進出關的手續，加快了通關速度。此種管理模式特別適用于對時間和庫存要求比較高的維修備件的保稅庫存業務。
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