第三方保稅物流管理信息系統能夠滿足海關對保稅物品進、出、存、退、換和完稅的管理需求，滿足不同貨主對其保稅備件倉儲、保管、包裝、配送、退貨和回收的相異的物流管理要求；能夠適應多組織架構物流公司的管理和多倉庫統一管理的要求；能夠滿足多貨主的不同備件保稅或完稅物流管理的需求；能夠滿足貨主業務發展的需要，進行不同區域的快速配送服務；能夠快速調整和適應因貨主備件物流管理過程的變化要求；能夠對協作的承運商進行管理，包括費用的按期結算；能夠設定各種物流費用（包括各種關稅和海關代收），系統按業務量自動結算物流費用和各種稅收，也可手工調整和補錄費用；貨主隨時可以查詢訂單執行情況、庫存和物流費用結算情況等；海關隨時掌控保稅區保稅備件的進、出、存、退、換和完稅情況；系統支持倉庫使用RF和條碼設備，對倉庫的庫位、備件實現條碼管理，在倉庫中使用RF進行在線作業，提率、降低出錯率、降低物流成本；有數據接口，將不同貨主的訂單自動導入物流系統；對備件的價格、批號、序列號等管理；對備件可實現全程跟蹤查詢；按貨主要求的報表格式產生貨主索要的各類報表；未來能順利拓展相關功能，實現報關管理、貨代管理和運輸管理等，并且是一體化的初始數據在各模塊享；提供各類分析報表，給管理提供數據的依據，不斷改進管理，提高服務質量，提高客戶滿意度。

加快了通關速度。此種管理模式特別適用于對時間和庫存要求比較高的維修備件的保稅庫存業務。

庫存信息化通過庫存物品的入庫、出庫、移動和盤點等操作對企業的物流進行全面的控制和管理，能夠降低庫存，減少資金占用，杜絕物料積壓與短缺現象，提高服務水平，保證生產經營活動的順利進行。

貨物在倉庫中的全周期需要能夠實時掌握，因此保稅區儲的管理信息系統要求也高很多。
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