貨物在倉庫中的全周期需要能夠?qū)崟r掌握，因此保稅區(qū)儲的管理信息系統(tǒng)要求也高很多。

保稅區(qū)儲區(qū)別于一般倉儲之處在于保稅區(qū)儲的力度要大得多。貨物在倉庫中的全周期需要能夠?qū)崟r掌握，因此保稅區(qū)儲的管理信息系統(tǒng)要求也高很多。庫存信息化通過庫存物品的入庫、出庫、移動和盤點等操作對企業(yè)的物流進行全面的控制和管理，能夠降低庫存，減少資金占用，杜絕物料積壓與短缺現(xiàn)象，提高服務水平，保證生產(chǎn)經(jīng)營活動的順利進行。
自主管理的保稅區(qū)儲物流企業(yè)，必須通過海關(guān)的嚴格審核才能營運。首先，自主管理的保稅區(qū)物流企業(yè)必須有很好的管理體系，還要有很好的誠信度，確保國家關(guān)稅的征收，決不，保稅貨物的物流過程必須符合中國海關(guān)管理規(guī)范，嚴格執(zhí)行海關(guān)進出口報關(guān)規(guī)則；其次，自主管理的保稅區(qū)物流企業(yè)必須能為貨主提供高質(zhì)量的、符合要求的物流服務，其中包括能嚴格按照貨主的要求進行備件的保管、存儲、包裝、配送、回收和退換，保證維修備件能正確、快捷、準時、保質(zhì)地送達貨主手中。

保稅區(qū)儲是指使用海關(guān)核準的保稅區(qū)庫存放保稅貨物的倉儲行為。保稅貨物主要是暫時進境后還需要復運出境的貨物，或者海關(guān)批準暫緩納稅的進口貨物。保稅區(qū)儲受到海關(guān)的直接，雖然說貨物也是由存貨人委托保管，但保管人要對海關(guān)負責，入庫或者出庫單據(jù)均需要由海關(guān)簽署。保稅區(qū)儲一般在進出境口岸附近進行。
第三方物流自主管理的保稅區(qū)儲業(yè)務，是近幾年新推出的保稅物流業(yè)務，是依據(jù)的保稅貨物進出口報關(guān)和完稅的新型管理模式。在這種新型管理模式下，保稅區(qū)可以設在保稅區(qū)外，海關(guān)下放部分操作程序，由第三方物流企業(yè)自主管理，海關(guān)可以隨時查看保稅區(qū)的庫存情況，對保稅區(qū)實行。
保稅區(qū)每月向海關(guān)申報一次貨物進出口清單，并與海關(guān)系統(tǒng)核對保稅貨物的庫存，一次完稅，大大簡化了進出關(guān)的手續(xù)，加快了通關(guān)速度。此種管理模式特別適用于對時間和庫存要求比較高的維修備件的保稅庫存業(yè)務。

自主管理的保稅區(qū)儲物流企業(yè)，必須通過海關(guān)的嚴格審核才能營運。
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