保稅區倉庫的功能有如下：
1.出口拼貨。 針對大型國際采購商、零售商、國際貿易商在中國進行的全國采購，國應商各自完成出口貨物到保稅區，享受入區退稅政策。在保稅區倉庫可進行貨物分揀、包裝、更換包裝、組合包裝、產品檢測、貼標。 再根據國外客戶訂單在保稅區倉庫進行撿料出貨，拼柜海運出到國外。
2.物流分撥：針對國內外兩個市場， 企業在國內大量采購貨物進入保稅區倉庫完成出口退稅， 再從保稅區倉庫配送的全國工廠生產線上。 國外進口貨物暫存保稅區倉庫，在保稅區倉庫進行貨物倉儲、包裝、貼標等，分批征稅進口到國內。
3.轉口貨物、過境貨物倉儲。 國際轉口貿易貨物暫存深圳出口加工區保稅區倉庫，保稅區與貨物出入享受關稅豁免政策，利用保稅區免稅政策取代中國香港倉儲，為企業節約倉儲成本、人工成本。
4.進口食品、紅酒、化妝品保稅區包裝。國外采購貨物進入保稅區倉庫包裝、貼標。產品可以征稅進口到國內銷售，也可以轉出國外銷售（倉儲免稅）
5.保稅區進出口報關、商檢、一般貿易進口食品、紅酒清關服務。
6.保稅區倉庫出租。提供倉儲作業、包裝、貼標、產品檢測等增值服務。

退運返修所繳納的稅，為貨物本身海關規定稅率。一般貿易貨物在進口時可以按一般進出口制度辦理海關手續，這時它就是一般進出口貨物；
也可以享受特定減免稅優惠，按特定減免稅制度辦理海關手續，這時它就是特定減免稅貨物；也可以經海關批準保稅，按保稅制度辦理海關手續，這時它就是保稅貨物。

出口貨物退運返修是指國內生產企業所生產的貨物出口到，因各種原因（如：客戶拒收貨物、拒付尾款、包裝不合格、標簽不合格、質量不合格、卡板不合格、電子產品系統升級，或是服務等）導致需要退運返修或退貨。
保稅區退運返修的優點：
1. 手續簡便，費用低。無須辦理復雜的退運返修手續，無需向海關申請退運貨物，無需繳納大額保證金。
2. 交利。深圳出口加工區連接中國香港、鹽田、蛇口，貨物從此些口岸進來方便、快捷，貨物修好后再安排出口，在時間和成本上大大節約，特別是從中國香港碼頭提貨到深圳出口加工區保稅區只需3個小時左右，并且維修成本是中國香港的三分之一。
3. 無影響。退運返修需要相關部門批準，我司有海關審批的維修賬冊，可以以我司名義正常辦理退運貨物的保稅維修通關手續，修好后再以我司名義復出口，對于貨主企業不存在海關信譽上的影響。
保稅區的服務優勢：
保稅區無塵車間，維修保稅場地與倉儲管理等一系列服務，客戶方提供技術人員與檢測、維修設備，對出口到的產品或者設備出現問題后送至我司保稅區庫進行保稅檢測、維修等服務（無須進口到國內維修），維修好后配送到客戶手中，幫助客戶完成整體退運返修操作。

出口報關方式如果出口是買單報關，那么現在有2種方式可以選擇：
1、按一般貿易進口報關，繳納關稅和；
2、報關進入保稅區庫，在保稅區庫里面進行返修后復出口，這樣進口不用繳納關稅和，出口也不再享受退稅優惠。
鹽田 保稅區和坪山保稅區在相關成本上存在差異，基于坪山保稅區可利用面積和操作成熟度上考慮，比亞迪、大疆等…很多大型廠商坪山保稅區設立了 類似物流功能的保稅區庫。
維修地選擇中國香港
　　中國香港作為自由貿易港，在物流方面特別發達，但是在人工成本、物流成本等維修各環節成本上費用不菲。可根據貨值、維修工藝流程、是否需要大型設備等具體情況加以判斷。
維修地選擇保稅區
　　設立的保稅區其實是對中國香港功能的一個有益補充，在加工、維修、檢測等圍繞倉儲進行的企業物流服務上，保稅區在物流成本、人工成本以及料件更換上具有相對性優勢。
影響
　　退運貨物發生后，相對應的海關統計數據，會使企業產生不良的海關信譽和關務記錄。
時間及成本
　　海關審核過程是彈性的，視具體案例，處理時間為一個月至半年不等，期間會產生金額巨大的碼頭費；若不能通過海關審核，則需要重新擬定相關文件申請或退回到國外。
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